Aujourd'hui ce n'est plus un problème, mais aux IIIᵉ et IVᵉ siècles avant notre ère, il n'existait aucun moyen de transporter le poisson vers l'intérieur des terres en le gardant au frais. On faisait donc fermenter le poisson en le conservant avec du sel et du riz. Cette technique, conçue pour permettre la conservation, s'appelait « narezushi » et passe pour l'ancêtre du sushi moderne.
Après de nombreuses évolutions du narezushi, le nigirizushi si courant aujourd'hui naquit au début du XIXᵉ siècle, sous l'époque d'Edo. Au départ, on le préparait sur des étals : c'était, dit-on, un en-cas adoré du petit peuple d'Edo.
Plus tard, vers 1900, avec le développement de la réfrigération, le nigirizushi cru — non mariné au vinaigre ni à la sauce soja — gagna en popularité. C'est alors qu'il devint le sushi que l'on mange aujourd'hui.
Il existe par ailleurs une théorie sur sa diffusion à travers le Japon : de nombreux maîtres sushi de Tokyo se seraient dispersés aux quatre coins du pays à la suite du grand séisme du Kantō de 1923.
