Oggi non è più un problema, ma nel III e IV secolo a.C. non esisteva modo di trasportare il pesce nell'entroterra mantenendolo al fresco. Si faceva quindi fermentare il pesce conservandolo con sale e riso. Questa tecnica, pensata per la conservazione, si chiamava «narezushi» ed è considerata l'antenato del sushi moderno.
Dopo numerose evoluzioni del narezushi, il nigirizushi così diffuso oggi nacque all'inizio del XIX secolo, nel periodo Edo. All'inizio veniva preparato alle bancarelle: era, si dice, uno spuntino amato dalla gente comune di Edo.
Più tardi, verso il 1900, con lo sviluppo della refrigerazione si diffuse il nigirizushi crudo, non marinato né nell'aceto né nella salsa di soia. Fu allora che divenne il sushi che si mangia oggi.
Esiste inoltre una teoria sulla sua diffusione in tutto il Giappone: molti maestri di sushi di Tokyo si sarebbero sparsi in ogni angolo del Paese in seguito al grande terremoto del Kantō del 1923.
