Noong unang panahon, sa ika-3 hanggang ika-4 na siglo BC, walang paraan tulad ngayon para dalhin ang isda sa loob ng bansa habang pinananatiling mababa ang temperatura. Dahil dito, umunlad ang teknolohiyang pinabuburo ang isda habang inilulubog kasama ng asin at kanin, upang maaaring imbakin. Ito raw ang pinagmulan ng sushi sa kasalukuyan, at karaniwang tinatawag itong "narezushi."
Maraming pagbabagong pinagdaanan ang narezushi, ngunit ang istilo ng nigiri-zushi na naging karaniwan sa makabagong panahon ay isinilang noong panahon ng Edo, sa simula ng dekada 1800. Sa simula, ginagawa ang nigiri-zushi sa mga food stall at iba pa, at minahal ito ng karaniwang tao ng Edo na parang meryenda.
Pagkatapos noon, nang umunlad ang teknolohiya ng refrigeration mga 1900, sumikat ang nigiri-zushi na hilaw at hindi inilubog sa suka o toyo. Dito naging anyo ng sushi na kinakain sa makabagong panahon.
Bilang dagdag, may teoryang ang Edomae nigiri-zushi ay lumaganap sa iba't ibang panig ng Japan dahil sa Great Kantō Earthquake noong 1923, nang lumipat ang mga Edomae sushi chef ng Tokyo patungo sa iba't ibang panig ng bansa.
