Tegenwoordig is het geen probleem meer, maar in de derde en vierde eeuw v.Chr. was er geen enkele manier om vis landinwaarts te vervoeren en daarbij koel te houden. In die tijd werd de vis met zout en rijst ingelegd en zo tot gisting gebracht. Om bewaren mogelijk te maken werd een nieuwe techniek bedacht: narezushi, dat wordt beschouwd als de voorloper van de sushi van vandaag.
Narezushi is daarna talloze keren aangepast, en de nigirizushi die we nu overal kennen ontstond aan het begin van de negentiende eeuw, tijdens de Edoperiode. In het begin werd nigirizushi bij kraampjes en dergelijke gemaakt. Het was blijkbaar een geliefd hapje onder het gewone volk van Edo.
Later, rond 1900, kwam met de opkomst van koeltechniek de rauwe nigirizushi in zwang, die niet in azijn of sojasaus was ingelegd. Toen groeide het uit tot de sushi zoals die vandaag gegeten wordt.
Er bestaat overigens ook een theorie over de verspreiding van de nigirizushi in Tokiostijl over heel Japan: veel sushimakers uit Tokio zouden na de grote Kantō-aardbeving van 1923 naar alle uithoeken van het land zijn uitgeweken.