Dziś nie stanowi to problemu, ale w trzecim i czwartym wieku p.n.e. nie było sposobu, by przewieźć ryby w głąb lądu, utrzymując niską temperaturę. Wówczas ryby peklowano solą i ryżem, pozostawiając je w tym stanie do fermentacji. Aby przechowywanie w ogóle stało się możliwe, opracowano nową technikę. Nazwano ją narezushi i uznaje się ją za pierwowzór dzisiejszego sushi.
Narezushi przechodziło potem niezliczone modyfikacje, a tak dziś powszechne nigirizushi narodziło się na początku XIX wieku, w okresie Edo. Początkowo nigirizushi przyrządzano w straganach i podobnych miejscach. Było podobno ulubioną przekąską zwykłych mieszkańców Edo.
Później, około 1900 roku, wraz z rozwojem chłodnictwa spopularyzowało się surowe nigirizushi, niemarynowane w occie ani w sosie sojowym. Wtedy właśnie przekształciło się w sushi, jakie jada się dzisiaj.
Istnieje ponadto teoria dotycząca rozprzestrzenienia się nigirizushi w stylu tokijskim na całą Japonię. Według niej wielu tokijskich mistrzów sushi rozjechało się po wszystkich zakątkach kraju po wielkim trzęsieniu ziemi Kantō w 1923 roku.
