ครั้งหนึ่ง ในยุคศตวรรษที่ 3-4 ก่อนคริสตกาล ยังไม่มีวิธีขนส่งปลาเข้าสู่แผ่นดินในโดยรักษาอุณหภูมิให้ต่ำดังเช่นปัจจุบัน ด้วยเหตุนี้ เทคนิคในการถนอมปลาให้เก็บได้นานจึงพัฒนาขึ้น โดยนำปลาไปหมักร่วมกับเกลือและข้าวแล้วปล่อยให้หมักบ่ม ว่ากันว่านี่คือต้นกำเนิดของซูชิในทุกวันนี้ โดยทั่วไปเรียกว่า "นาเระซูชิ"
นาเระซูชิดูเหมือนจะวิวัฒนาการไปหลากหลายรูปแบบ แต่สไตล์นิงิริซูชิที่กลายเป็นที่แพร่หลายในปัจจุบันนั้นถือกำเนิดขึ้นในสมัยเอโดะช่วงต้นคริสต์ทศวรรษ 1800 ในช่วงแรก นิงิริซูชิถูกปั้นขายตามแผงลอยเป็นต้น และได้รับความรักใคร่จากสามัญชนชาวเอโดะในฐานะของกินเล่น
ต่อมาเมื่อเทคโนโลยีการแช่เย็นพัฒนาขึ้นในราวปี 1900 นิงิริซูชิแบบดิบที่ไม่ได้หมักด้วยน้ำส้มสายชูหรือซีอิ๊วก็เริ่มเป็นที่นิยม และนี่คือจุดที่กลายเป็นรูปแบบของซูชิที่รับประทานกันในปัจจุบัน
อนึ่ง มีทฤษฎีว่าเหตุที่นิงิริซูชิแบบเอโดมาเอะแพร่หลายไปทั่วทุกพื้นที่ของญี่ปุ่นนั้น เป็นเพราะแผ่นดินไหวครั้งใหญ่คันโตในปี 1923 ที่ทำให้เหล่าเชฟซูชิเอโดมาเอะของโตเกียวต้องย้ายถิ่นกระจายไปทั่วประเทศ
